就地下水资源而言，巴拉圭在拉普拉塔盆地内拥有三个重要的地下水开采含水层：一是位于该国中部地区的帕蒂尼奥含水层；二是米西奥内斯含水层，属于与巴西、阿根廷和乌拉圭共享的瓜拉尼大型含水系统；三是位于中部查科地区的伊伦达含水层，属于美洲大查科的一部分，与玻利维亚和阿根廷共享，在后者被称为托巴含水层（Monte Domecq y Báez Benítez, 2007）。
巴拉圭的含水系统可根据岩性特征和水力性质分为（Godoy y Paredes）：
- 按粒间孔隙度渗透的含水层，以及
- 按岩石裂隙渗透的含水层，其受地质构造与岩溶化过程控制
在按粒间孔隙度渗透的含水层系统中包括：
*查科-伊伦达含水层
*帕蒂尼奥含水层
*米西奥内斯含水层
*卡阿库佩含水层
在这些含水层中，因其战略位置、规模及用途而更为重要的为：瓜拉尼含水层与帕蒂尼奥含水层。
– 瓜拉尼含水层：
Montaño 等人指出，瓜拉尼含水系统（SAG）是世界上最重要的淡水储备之一。该系统为跨境含水层，面积达 1,200,000 km2，由阿根廷、巴西、巴拉圭和乌拉圭四国共享。它由位于地表以下的一组砂质岩石构成，其孔隙与裂隙中含有地下水。这些岩石沉积于距今 2.45 亿至 1.44 亿年前（Sistema Acuífero Guaraní – ICAA）。
位于承压区的地下水用于满足温泉中心的需求，并可用于工业用途。出露区作为中大型城市公共供水的高质量水源具有重要意义。近几十年来，两地地下水利用呈指数增长，主要发生在出露区（Montaño et al. sf）。
– 帕蒂尼奥含水层：
来源：Báez 等 2014
参考文献
Arraval y Álvarez (2019)：
https://publications.iadb.org/publications/spanish/document/Estudio_de_recursos_h%C3%ADdricos_y_vulnerabilidad_climática_del_acu%C3%ADfero_Patiño_es.pdf
Báez Lovera, LV；Villalba Cardozo, C.；Nogues Peña, JP. 2014. 大亚松森地区地下水污染脆弱性与风险制图（在线）。亚松森国立大学，亚松森，PY。查阅日期：2017 年 4 月 19 日。可在 139 http://opengeo.pol.una.py/descargas/Informe%20Final%20Politecnica%20INV20.pdf 获取
Godoy y Paredes：
https://www.geologiadelparaguay.com.py/Acuiferos-Potenciales-del-Paraguay.pdf
Monte Domecq y Báez Benítez, 2007：CA0443ES.pdf (fao.org)
Sistema Acuífero Guaraní – ICAA: https://icaa.gov.ar/sistema-acuifero-guarani/