生物降解（微生物分解有机物）是一个自然发生的过程，对于受污染地下水的原位清理尤为重要。 污染物生物降解遵循本书中总结的公认原则。 第一个原则是微生物必须通过氧化电子供体底物（食物）并将电子转移到电子受体底物（呼吸）来生长和维持自己。 这种电子流产生能量，微生物利用这些能量来推动生物质合成。 大多数污染物要么是电子受体，要么是电子供体，这意味着它们的生物转化可以生长和维持微生物。 因此，了解污染物是电子供体还是电子受体至关重要。
本书系统地描述了地下水中常见有机污染物的生物降解机制。 作者确定了污染物的行为是电子供体还是受体，并指出何时需要特殊的活化反应来引发生物降解并将污染物转化为化学形式，使其能够成为产生能量的电子供体或受体。 特别注意石油衍生的有机物以及含有氯、氟和硝基取代基的有机物。